Родился 25 августа 1870 г. в Новочеркасске в семье статского советника казачьего происхождения, выдающегося собирателя донских древностей Харитона Ивановича Попова. 13 июля 1891 г. окончил Донскую духовную семинарию со званием студента. 20 августа резолюцией Высокопреосвященнейшего Макария (Миролюбова), архиепископа Донского и Новочеркасского был определен на должность псаломщика Александро-Невской церкви Новочеркасска. 24 сентября этого же года, согласно прошению, был перемещен в Троицкую церковь Новочеркасск на должность псаломщика. Указом Донской духовной консистории от 24 января 1892 г. был назначен законоучителем Новочеркасской команды Донской артиллерии и проходил эту должность по 1893 г. 20 марта 1894 г. рукоположен в сан священника и назначен к Покровской церкви станицы Кривянской. 1 сентября 1895 г. Черкасским отделением Донского епархиального училищного совета назначен заведующим и законоучителем Кривянской Покровской школы грамоты для девочек, преобразованной в церковно-приходскую школу. 20 сентября 1898 г., Высокопреосвященнейшим Макарием, архиепископом Донским и Новочеркасским был назначен законоучителем Кривянского приходского училища. С 8 мая 1901 г. по 1 сентября 1909 г. проходил должность духовного следователя по Багаевскому благочинию. 4 октября 1909 г. епархиальным съездом духовенства и церковных старост избран и утвержден Высокопреосвященнейшим Владимиром (Сеньковским), архиепископом Донским и Новочеркасским, членом ревизионной комиссии по епархиальному свечному заводу.

Награды: набедренник (30 января 1897 г.); темнобронзовая медаль «за труды по первой всеобщей переписи населения 1897 г.» (16 июля 1897 г.); скуфья «по вниманию к благочестному пастырскому служению» (21 февраля 1900 г.); камилавка (6 мая 1908 г.); благословение Св. Синода с грамотой (6 мая 1909 г.). Имеет серебряную медаль в память покойного государя императора Александра III.

Семья: супруга Таисия Федоровна, род. 6 мая 1876 г. Дети: Мария, род. 18 октября 1894 г., обучалась в Донском епархиальном женском училище; Петр, род. 19 ноября 1899 г., обучался в Новочеркасском духовном училище; Федор, род. 6 июня 1903 г., обучался в Кривянском приходском училище; Наталия, род. 9 августа 1905 г.

27 июля 1920 г. священник Александр Харитонович Попов был арестован по доносу. Обвинен в агитации и заговоре против советской власти в 1918 г. Из письма дочери священника М.А. Поповой известно, что священник А. Попов «все время стоял в стороне от политической работы, никаких действий против советской власти не предпринимал и агитацией не занимался; напротив и в 1918 г. и в 1920 г. сам остался на своем посту и граждан уговаривал не уходить от красных войск, чем и доказал свою лояльность к Советской власти.

На допросе от 28 июля 1920 г. священник А. Попов свидетельствовал: «По делу агитации и заговора против советской власти я, ниже подписавшийся, показал следующее: никакого посла к своему брату, бывшему генералу Попову, я не посылал. Я также агитации не вел, а приходилось при отправлении казаков на фронт служить молебны, где может быть что и говорил, но не помню». Это подтверждало и заявление граждан станицы Кривянской председателю Новочеркасской чрезвычайной следственной комиссии: «Мы же, граждане, в продолжении 26 лет имели в его лице незаменимого руководителя и наставника в наших делах, считаем своим долгом заявить, что знаем его как отзывчивого, чуткого, правдивого человека, лучшего помощника в наших несчастьях, спасшего многих сирот и вдов от ужаса нищеты и давшего возможность стать на твердую почву в смысле поддержки своего существования, щедрой рукой оказывая как материальную, так и нравственную помощь. Являясь первым поощрителем просвещения, им, благодаря бесконечным заботам, была выстроена женская церковно-приходская школа. Много также работал он для открытия в станице судно-сберегательного товарищества. Что же касается его политической деятельности, то, сколько знаем его, никогда он не высказывал своего неуважения к советской власти. Наоборот, в декабре месяце, когда приближались советские войска к станице, жители, не имевшие действительного представления о советской власти, собирались покидать станицу и только благодаря его увещеваниям многие остались дома и сохранили свои хозяйства, за что питают к нему глубокую благодарность. В 1918 г. он также уговорил жителей оставаться дома, и сам продолжил стоять на своем посту, ободряя оставшихся словом и примером».

11 сентября 1920 г. Коллегия новочеркасской окружной ЧК вынесла постановление: «Принимая во внимание, что факт преступления <…> установлен, выразившийся в том, что священник Попов в 1918 г. вел подпольную организацию казаков станицы Кривянской, и когда казаки указанной станицы были готовы к восстанию, то он посылал курьеров к своему брату генералу Попову, который ушел с отрядом Семилетова в степной поход, и сообщал ему, что станица готова к восстанию, кроме того, священник Попов вел агитацию и призывал граждан станицы Кривянской к борьбе с большевиками, и в своей проповеди охарактеризовал большевиков как извергов рода человеческого <…>. Коллегия постановила: священника Попова считать виновным и применить к нему ВМН – расстрелять в 24 ч по санкционировании его Дончека».

18 ноября 1920 г. Донской областной революционный трибунал известил о. А. Попова, что «согласно постановлению распорядительного заседания от 12 ноября 1920 г. дело по обвинению Вас в контрреволюции, применяя Октябрьскую амнистию, прекращено».

В 1927 г. священник А. Попов был вновь арестован по обвинению «в измышлении и распространении среди населения слухов о предстоящей войне СССР с Польшей и падении соввласти». В обвинительном заключении от 25 мая 1927 г. говорилось, что священник А. Попов: «примыкает к правому церковному течению (тихоновец), ведет активную борьбу с новыми течениями <…> пользуется среди наиболее реакционных элементов большим авторитетом <…> стыдит женщин за то, что они ходят на женские и др. собрания». Обвинение гласило: Попов А.Х. обвиняется в том, что «стоя на почве правого церковного (тихоновского) течения, имел среди населения авторитет и сильное влияние, используя свое церковное служебное положение и религиозные предрассудки масс, в своей церковной деятельности возбуждал граждан станицы Кривянской к противодействию мероприятиям сов. власти, внушал им мысль о создании крестьянского союза под видом борьбы с атеизмом, наталкивая их на домогательства о разрешении преподавания Закона Божия, занимался антисоветской агитацией, произнося в приходе проповеди о скором изменении существующего ныне порядка, сея этим среди граждан различные провокационные слухи о скором падении сов. власти и т.п., отрицательно воздействовал на женщин в отношении их участия в общественной работе и т.п.».

Тройкой Северо-Кавказского края от 6 июля 1927 г. приговорен к заключению в Соловецкий лагерь сроком на 5 лет.

Известны обстоятельства смерти о. Александра Попова, изложенные неизвестным в письме на имя дочери о. Александра: «О всем радуйтеся, за вся благодарите, всегда молитеся. Многоуважаемая Анна Александровна, тяжело, оч[ень] тяжело мне явиться для Вас вестником скорби, но уж такова видно воля Божия. – Вашего папы – о[тца] протоиерея Александра Харитоновича уже нет, он умер 27/I с/г. 1933 г. от простуды (наверное был грипп) в дер[евне] Чит на квартире Андрея Ионыча Мальцева, а 29 погребен на кладбище Вил[ьгорт], Сыктывкарского района. Заболел [...] возили [...] 3 д[ня] в больницу, но за отсутствием свободных мест там его не приняли; больше был на своих ногах, пролежал только двое суток. Все время был в полном сознании. Не так давно он исповедывался и приобщался Св[ятых] Таин, за четыре дня до смерти снова был напутствован согласно его желанию. Похоронили, конечно, в гробе, в подряснике, епитрахили с крестом и Евангелием в руках. Отпевание совершено заочное. Вечный ему покой и Царство Небесное – покойный был глубоко верующий человек, какие теперь на редкость»..